موضع امام در برابر کودتا
ایشان در اولین واکنش نسبت به این واقع در جمع روحانیون و ائمه جماعات تهران، شهرستان‌ها و روحانیون عضو بسیج در تاریخ ۲۰/۰۴/۱۳۵۹ ابراز داشتند: «شما می‏دانید که توطئه‌ها از همه اطراف هست و رو به افزایش است، لکن از این توطئه ‏هایی که منتهی به سلاح و قوای مسلح و اینها هیچ باکی نیست. آنها را خدای تبارک و تعالی همراهی می‏کند چنانچه کرد و می‏بینید... این عده بیچاره‏ای که برای خاطر یک دنیای کمی، فانی، می‏خواهند توطئه بکنند و آن هم اینطور توطئه‏ ای که معلوم است که چنانچه موفق به کشفش هم نشده بودیم و قیام هم کرده بودند، خفه می‏کردند آنها را، این خوفی ندارد. آن توطئه‏ هایی که از اول نهضت، یعنی پیروزی ما، پیروزی شما شروع شده است و باز هم در کار است، آن را باید آقایان توجه به آن داشته باشند. 
آن روز که فانتوم آن‌ها آمد و اینجا را خراب کرد و من هم رفتم سراغ کارم ، ملت دستش باز و با مشت محکم حفظ بکند اسلام را. روحانی ، بازاری ، کارگر، کشاورز، کارمند، قوای مسلح ، همه باید حال آماده باش داشته باشند. ما اگر حالا در بین راه که هستیم و اینهمه توطئه الان هست ، اگر فراموش کنیم نهضت را، اگر فراموش کنیم انقلاب را و برویم سراغ کارمان ، هر کدام برویم سراغ شغلی که داریم و حاضر نباشیم در صحنه سیاست ، و خودمان را مجهز نکنیم برای حفظ این مملکت اسلامی و حفظ اسلام ، خدای نخواسته یکوقت به کارهای بد خواهد رسید. وممکن است که البته نمی توانند ان شاءالله که کاری انجام بدهند، لکن تاخیر می توانندبیندازند. شما ببینید که الان هر کاری که می خواست در این مملکت انجام بگیرد، یک جبهه هایی در مقابلش ایستاد که نگذارد، شلوغکاری کردند لکن نتوانستند. من نمی گویم که می توانند، نمی توانند. اگر این فانتومها هم بلند شده بود که اینها می خواستندچه بکنند، پدر اینها را در می آوردند.

مگر ملت ما حالا دیگر نشسته آنجا که یک فانتوم و دو فانتوم کاری انجام بدهد. این احمقها نفهمیدند این را که با چهار تا مثلا سرباز - سربازها که با اینها موافق نیستند - با چهارنفر از این درجه دارها مثلا و امثال اینها می شود یک مملکت 35 میلیونی که همه مجهزهستند، اینها بتوانند فتح کنند. اینها غلط فکر کردند. اینها نفهمیدند که شوروی با همه قدرتی که دارد و با همه ابزاری که دارد و با همه سلاحهای مدرنی که دارد، در افغانستان پوزه اش به خاک مالیده شده . در عین حالی که اینها یک حماقتی است ، منتها بعضی جوانها، بیچاره ها، نفهمها اینها را وادار می کنند یک همچو کاری بکنند. یک همچوکارهایی که همین دو - سه روز مثلا. خوب ، اینها نمی فهمند که اگر فرضا هم شما ازپایگاه همدان پا شده بودید و آمده بودید و فرض کنید چند تا جا [را] هم کوبیده بودید،شما بالاخره باید زمین هم بیایید یا همان آسمان می مانید؟

بنیانگذار جمهوری اسلامی درخصوص برخورد قاطع با طراحان و عاملان کودتا در تاریخ ۲۸ تیرماه ۱۳۵۹ و در دیدار فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جمعی از پاسداران بیان می‌دارند: «توجه به این مسائل لازم است همه آقایان بکنند و کسانی که خدای نخواسته یک انحرافاتی دارند اگر قابل اصلاحند با موعظه، با نصیحت، با هدایت اینها را اصلاح بکنند و اگر نیستند، پاکسازی بکنند و آنهایی که در این مسائل، در این مساله آخر همراه بودند با این خیال فاسد کودتا، تمام اینها به حسب حکم قرآن حکم‌شان قتل است بلااستثنا، یک استثنا درش نیست؛ هیچ‌کس حق ندارد که یک کسی را عفوش بکند، یک کسی را مسامحه با او بکند. اینها به حکم اسلام و حکم قرآن فاسد و مفسد هستند و اینها چهار حکم در قرآن هست که از همه کوچک‌تر کشتن است.