پایان یافتن دوره فرماندهی و ستاد در شهریور و اخذ رتبه یازدهم در بین 33 افسر با درجه سرگردی به بالا،برای مرتضی بنی جمالی مقارن بود با اوج گرفتن حوادث انقلاب. ایشان نیز که به تازگی به درجه سرهنگ دومی رسیده بود همراه با بقیه افسران در پایگاه هوانیروز اصفهان در آماده باش کامل به سر می برد. با توجه به سیر حوادث، خوشبختانه حادثه ای که منجر به دخالت هوانیروز و خشونت احتمالی گردد پیش نیامد فقط یک بار در جریان تظاهرات، عده ای از اوباش خود را از مردم عادی جدا کردند و برای حمله به منازل سازمانی هوانیروز ، به راه افتادند. بانوان حاضر در منازل نیز در غیاب افسران که همگی در پایگاه بودند وحشت کردند و با پایگاه تماس گرفتند. سرهنگ بنی جمالی ضمن آرامش دادن به خانواده ها ، گفت اگر پای این گروه اوباش به محوطه منازل مسکونی رسید شخصا سوار بر هلیکوپتر شده و آنها را به خاک و خون خواهد کشید. خوشبختانه از طرف فرمانداری نظامی یک گروه سرباز برای پشتیبانی خانواده ها اعزام شد و حادثه ای رخ نداد. بعد از پیروزی انقلاب، سرهنگ دوم بنی جمالی فرمانده آموزشگاه خلبانی مرکز آموزش هوانیروز بود و در سال 58 به سرهنگ تمامی ارتقا یافت که این دوران همراه بود با شدید ترین هجمه ها به ارتش و طرح تئوری ارتش بی طبقه توحیدی و درگیریهای ارتش در کردستان. از مسوولیت سرهنگ در کردستان اطلاعی در دست نیست جز خاطره ای در حد یک جمله که خودش در مورد پرتاب سر بریده یکی از افراد پادگان ؟ به داخل پادگان نقل کرد و این خود نشانه محیط بسیار خطرناک کردستان برای افسران ارتش بود که قربانی منازعات سیاسی گروه های رنگارنگ می شدند. در سال 1359 و با آغاز جنگ در شهریورماه، سرهنگ بنی جمالی به عنوان معاون پایگاه مسجد سلیمان عازم خوزستان گردید تا مسوولیت دفاع از منطقه عمومی اهواز به ویژه دب حردان را بر عهده گیرد. این دوره مقارن بود با شهادت یکی از بهترین دوستان سرهنگ بنی جمالی و از بهترین افسران هوانیروز به نام سرهنگ منصور وطن پور. (هلیکوپتر سرهنگ وطن پور در 9 مهر 1359 ،در جریان بازدید هوایی از  گروهی دانشجویان دانشکده افسری اعزامی به خوزستان، مورد اصابت گلوله سربازان عراقی قرار گرفت و کنترل هلیکوپتر از دست رفت و دم آن با کابل دکل برق برخورد نمود. پس از برخورد با زمین، هلیکوپتر آتش گرفت و سرهنگ وطنپور نیز به شهادت رسید.)

سرهنگ بازنشسته خلبان عباس خادم که در آن روز به عنوان رسکیوی شهید وطنپور با فاصله کمی از آن شهید در پرواز بود و فرمانده دانشکده افسری سرهنگ موسی نامجو را نیز به همراه داشت می گوید :

پس از سقوط کبری ، مهمات آن در اثر شعله ور شدن به اطراف شلیک می شد و شرایط بسیار وخیم و خطرناکی به وجود آمده بود. ما فرود آمدیم و به سراغ خلبانها رفتیم. کمک شهید وطنپور با صندلی به بیرون پرتاب شده بود. ایشان که به شدت مجروح و بیهوش بود به اهواز منتقل شد اما وطنپور شهید شده بود. من در حالیکه هوا رو به تاریکی می رفت به پایگاه برگشتم و جریان را به سرهنگ بنی جمالی گفتم. ایشان سوال کرد می توانی دوباره پرواز کنی ؟ گفتم می توانم ولی اعصابم به شدت فرسوده شده. گفت من کنارت هستم. ( سرهنگ بنی جمالی سراستاد خلبان (Flight Commandor) بود و از ماهرترین خلبانان هوانیروز به شمار می رفت).  حضور ایشان اعتماد به نفسم را افزایش داد و سرهنگ را به محل سانحه رسانیدم ...

با حاضر شدن سرهنگ بنی جمالی بر بالین شهید وطن پور، پیکر شهید تخلیه شد و هوانیروز یکی از بهترین افسران خود را که به قول سرهنگ بازنشسته خادم، "برای خودش یلی بود" را از دست داد. سرهنگ بنی جمالی از این حادثه تا پایان عمر به تلخی یاد کرد و هر وقت به یاد وطنپور می افتاد عبارت " حیف ... منصور چقدر پسر خوبی بود " را درباره این دوست نزدیک و همدوره دانشکده افسری بر زبان می راند